Tam Thể bắt đầu với việc nhảy thẳng vào kết thúc của phần đầu tiên trong nguyên tác Tam Thể – cụ thể là phần Kế hoạch Đàn Tranh, sau đó tập 2 tiếp tục với cốt truyện chính của phần thứ hai, khi nhân loại đang đối mặt với sự phong tỏa của Trí Tử và buộc phải thần phục. Lúc này, La Tập xuất hiện và trở thành người Diện Bích. Bầu trời rộng lớn như bị vắt ngang bởi vô số sợi chỉ, tạo thành một cây chổi khổng lồ. Sau 400 năm, hạm đội của Tam Thể cuối cùng sẽ đến. Những chuyển động nhỏ nhất, như sự vỗ cánh của một con bướm ở nơi xa xôi, cũng thay đổi số phận của La Tập. Cánh cửa lớn đột ngột mở ra, dẫn đến trung tâm của thế giới – và Kế hoạch Diện Bích bắt đầu. Cùng lúc đó, trong căn phòng Phá Bích do Trí Tử tạo ra, những người Phá Bích cũng bắt đầu xuất hiện, chuẩn bị cho cuộc chiến sống còn với trí tuệ vượt trội.